Oui. Vous devez veiller scrupuleusement à ce que ce « dédommagement » soit bien distinct de sa rémunération et qu'il soit justifié. Il s'agit d'un loyer qui doit obéir à certaines règles.
D'abord, concluez avec ce salarié un contrat de location (bail) en bonne et due forme. Assurez-vous auparavant qu'il a bien l'autorisation de louer une partie de son habitation à l'association (s'il en est lui-même locataire, il est probable que son bail lui interdise la sous-location). Ce contrat vous permettra de justifier que la somme que vous lui versez n'est pas une rémunération déguisée ou un complément de salaire pour lequel l'Urssaf vous demanderait de verser des cotisations sociales.
Veillez ensuite à ce que la somme versée corresponde bien à une jouissance réelle et exclusive de ce local par l'association et qu'elle soit équivalente au prix du marché, pour pouvoir justifier son montant le cas échéant.
En savoir plus :
« Créer et gérer son association », Guide pratique n° 12 d'Associations mode d'emploi (à retrouver sur territorial.fr)